¿Cuál es mi error en esta lógica de Java?

[ambigus9]

Es un ejercicio de un Parcial de la Universidad y aún no lo he logrado resolver. El ejercicio dice así:

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Una institución educativa desea almacenar la información correspondiente a su
proceso de notas, para ello es importante la información del estudiante como
el codigo, nombre, apellido, dirección y los teléfonos de contacto. Para realizar
la matricula se tiene en cuenta el año, el semestre (I ó II) y el programa
académico. Además cada estudiante matricula como minimo tres materias por
semestre y máximo siete. Para cada materia se considera un código, nombre y
su número de creditos. La institución a considerado el siguiente esquema de
evaluación para cada una de las materias:

5 Quices 25%
2 Trabajos 15%
3 Parciales 60%

Leer la información correspondiente a los n estudiantes matriculados en
la institución educativa.
· Agregar y modificar las notas de las asignaturas a cargo de un docente
en particular.
· Calcular el promedio de las notas del semestre con respecto al número
de creditos de cada una de las asignaturas matriculadas por un
estudiantes especifico.
· Calcular el promedio general de toda la institución.
· Imprimir los estudiantes con promedio inferior a 3.0
· Buscar un estudiante y un docente por su número de identificación y/o
número de contacto.

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Es que resulta que nosé cuál es mi problema. Al llenar los datos y matricular las materias todo bien. Sin embargo, el problema que tengo es que cuando le ingreso las notas a un estudiante de una materia en particular y luego le lleno las notas a otro estudiante de esa misma materia me dice que ya estan llenas...

¿Porqué sucede eso?, ¿Será porque estoy asignado el mismo objeto Materia a todos los estudiantes que la matriculen?, ¿Será el problema de lógica mal estructurada? Les comparto el archivo por si alguien tiene un tiempito de mirarlo y ayudarme, Gracias de antemano

https://www.dropbox.com/s/k2p8mr5niz...itucion_10.rar

http://www.youtube.com/watch?v=tEi0B...ature=youtu.be